-  Kalottenmodell: Farben: weiss H, schwarz C, blau N, rot O, 
   hellgelb P, dunkelgelb S. 
   Form und Grösse sind durch Bindungseigenschaften und 
   Van-der-Waals-Radius bestimmt. Anordnung realistisch.
-  Kugel-Stab-Modell: Kugeln zu klein, dafür übersichtlich. 
   Bindungsanordnung leicht erkennbar (Stäbe)
-  Skelettmodell: Schematisch, daher übersichtlich, 
   aber dafür ungenau in Abständen etc.

Webseite über existierende Molekülbetrachter-Software
(als Anregung):

http://www.lehrer.uni-karlsruhe.de/~za3642/Schule/Molekuelbetrachter.htm